行政职能：
　　根据《自治区党委、自治区人民政府关于地（州、市）、县（市、区）党政机构改革的实施意见》（新党发（2002）4号）和《自治区党委办公厅、自治区人民政府办公厅关于转发自治区药品监督管理局、自治区党委组织部、自治区编办、财政厅、人事厅<关于自治区药品监督管理体制改革的实施意见>的通知》（新党办（2001）9号）精神，设置哈密地区药品监督管理局（规格处级）。哈密地区药品监督管理局为自治区药品监督管理局的直属机构，负责辖区内药品监督管理工作，领导所属县药品监督管理部门工作。

主要职责：
　　（一）贯彻执行国家和自治区的药品（含医疗器械、药品包装下同）管理法律法规、规章和办法并监督实施。
　　（二）依法对药品研究、生产、流通、使用进行监督管理，查处违反药品管理法律、法规的行为。
　　（三）负责监督药品生产、流通、使用进行监督管理，查处违反药品管理法律、法规的行为。
　　（四）负责核发药品零售企业和药品零售连锁企业门店的《药品经营许可证》及其监管工作。
　　（五）负责医疗机构制剂室《制剂许可证》的初审工作。
　　（六）组织实施药品的分类管理
　　（七）依法对麻醉药品、精神药品、医疗用毒性药品、放射性药品等特殊药品进行监督管理。
　　（八）承担自治区药品监督管理局和哈密地区行政公署交办的其他事项。

内设机构：哈密地区药品监督管理局内设4个科（室）：

（一）办公室（法规科）
　　1、负责机关文秘、档案、信访、保密等工作；负责各类会议的组织；制定机关工作制度；负责机关财务、综合治理、安全保卫工作；
　　2、负责机关财产管理、信息和统计工作；负责监督检查有关法律、法规及规章的贯彻执行和法制宣传教育工作；参与拟定地方性药品管理办法；负责行政处罚案件审核、行政复议和行政诉讼工作。

（二）注册管理科
　　1、依法监督管理麻醉药品、精神药品、医疗用毒性药品、放射性药品；核发《麻醉药品购用卡》、第一类《医疗器械产品注册证书》；
　　2、监督实施《药品经营质量管理规范》和药品分类管理；负责核发药品零售企业、药品零售连锁企业门店《药品经营许可证》及其监管工作；负责药品不良反应监测和药品再评价的有关工作。

（三）稽查科
　　负责整顿、规范药品市场秩序，依法查处药品研究、生产、流通、使用中违反药品管理法律、法规的行为。

（四）人事教育科
　　1、负责局机关、直属单位和派出机构的机构编制、组织人事、劳动工资等工作；负责职工教育、培训工作；负责离退休人员管理工作；组织开展精神文明建设。